1、来源不同
FAT32格式是Windows平台的传统文件格式，任何USB存储设备都会预装该文件系统，平台上使用Windows 95第二版首次引入，为了取代FAT16(支持文件最大容量2GB)，兼容性很好。
exFAT格式也可以叫做FAT64，是FAT32文件格式的升级版本，从Windows CE6之后就出现了，是微软为闪存U盘量身定制的，性能和技术支持很先进，同时针对闪存优化保护，不会造成多余的伤害。
2、单个文件限制不同
FAT32格式对单个文件容量有所限制，拷贝大小不能超过4GB容量，而文件名称长度也不能超过255字符。
exFAT它解决了FAT32不支持4G以上大容量文件的问题，直接最大支持16EB（目前256GB），而Windows与Mac均可适用，还有十分强的跨平台能力。
3、适用情况不同
FAT32格式通常适用于小容量U盘，毕竟兼容性比较好；但若是大容量U盘的话，格式首选建议为：exFAT>FAT32。
（1）exFAT可以支持单个文件大于4GB，FAT32下单个文件只能小于4GB。
（2）exFAT格式比FAT32格式新，所以文件管理更有效。
（3）FAT32格式兼容性比exFAT好，不是所有设备都能读取exFAT格式下的文件。
1. 它们有一些共同点，但也有区别。
exFAT和FAT32都是用于存储数据的文件系统。它们都可以在Windows操作系统中使用，但exFAT是较新的文件系统，支持更大的文件和磁盘尺寸。FAT32的最大文件尺寸是4GB，而exFAT支持高达16EB的文件。另外，exFAT还具有更好的文件系统完整性保护和快速格式化功能。
2. 需要考虑使用场景和平台兼容性。
对于大多数人来说，exFAT是更好的选择，尤其是对于需要处理大文件或大容量存储设备的用户。不过，如果您需要在较旧的平台上使用文件系统，例如Windows 98或Mac OS X 10.3等，那么FAT32可能是更好的选择。
3. 格式化时需注意数据备份。
不论您使用哪种文件系统，在格式化之前一定要备份文件。这是因为格式化会清除磁盘上的所有数据。您可以备份数据到外部硬盘驱动器、云存储空间等地方，以便在需要时恢复。
只能说结构类似，但是机制有些不一样，最大不同就是fat32系统不能存入大于4g的文件。